Não é a primeira vez que entro com meu serial do Flex Builder e recebo a mensagem dizendo que meu serial é inválido. Dessa vez fiz uma procura e achei o que causa tal mensagem de erro.

Por algum motivo quando executamos o eclipse, ele não sobe com a permissão de admin na máquina, o que o impossibilita de criar o aquivo license.properties que é responsável por armazenar seu serial.

Para resolver o problema, bastei executá-lo via Terminal com o comando sudo.

sudo /Applications/eclipse/Eclipse.app/Contents/MacOS/eclipse

Com tal comando, o eclipse foi executado com permissão de admin, o que possibilitou o serial ser salvo sem problema algum.

Não sei se o mesmo acontece no windows, mas caso sim, basta executar o eclipse com permissão de admin que isso se resolverá.